《意见》第十条提出，加强环境监察内设机构建设，符合《关于开展承担行政职能事业单位改革试点的指导意见》关于承担行政监督，主要行使行政许可、行政裁决等行政职权的事业单位改革的规定。垂直管理制度改革后，环境监察为以“督政”为主的“新监察”，与“查企”分开，主要承担行政监督的职责。
为保障环境监察机构的权威性，各省份应将根据《意见》要求，结合承担行政职能事业单位改革规定，在厘清环境监察与环境执法职能差异实施分置的基础上，将环境监察机构逐步转变或设置为行政机构，配置好不同职能要求的监察处室，作为省级环保厅（局）的内设机构。同时，省环保厅（局）派驻各市地的环境监察机构也应作为省环保厅（局）内设机构来管理。这为环境监察机构提出了明确的改革要求和依据。
机构是指在行政管理领域中具有一定行政管理职能、党务管理职能、公益服务职能或其他管理、服务职能的机关、事业单位及其他组织。目前列入机构编制部门管理的机构主要有各级党政机关，人大、政协机关，法院、检察院，各派机关，群众团体机关和各级各类事业单位等。从目前机构编制管理的范围看，机构可大致分为党政群机关和事业单位。
机构限额指县级以上地方各级党政机构设置的上限额数。为从宏观上控制政府机构的总体规模，中央根据各地经济社会持续健康发展水平、人口和面积、财政收入、行政区划等真实的情况，规定了机构设置的最高限额。中央规定的机构限额，各地必须严格执行，不得突破。
根据《地方各级人民政府机构设置和编制管理条例》规定，编制是指机构编制管理机关核定的行政机构和事业单位的人员数额和领导职数。狭义的编制也称为“人员编制”，是指机构编制管理机关核定的机关、事业单位的人员数额和领导职数。人员编制是“三定”规定的主要内容之一。人员编制分为行政编制和事业编制两大类。
行政编制是指中国各级机关、各级人大及其常委会机关、各级行政机关、政协各级委员会机关、各级审判机关、各级检察院机关、各派和工商联的各级机关，有关群众团体机关使用的人员编制，其经费由国家财政保障。全国行政编制规模必须严控。行政编制的审批权限在中央，各地区各部门不得在中央批准的行政编制总额外越权审批行政编制或自行确定用于党政机关、人大机关、政协机关、法院和检察院机关、各派和工商联机关的编制。各地区各部门可根据工作需要调整行政编制，但必须在批准的总额内进行；地方不同层级之间行政编制的调整由省级机构编制部门报中央机构编制部门审批。各地区各部门必须严格依规定使用行政编制，不得擅自改变行政编制的应用限制范围。
事业编制，是指各类事业单位所使用的人员编制。与行政编制相比，事业编制使用范围广泛，经费形式分为财政拨款、财政补助和经费自理等多种形式。中央机构编制部门重点加强对地方事业单位机构编制管理工作的宏观指导，对各省、自治区、直辖市事业编制的总量和结构可以进行调控。各省、自治区、直辖市机构编制部门统一制定本地区事业单位机构编制管理办法，上级机构编制部门对下级机构编制总量和结构实行动态管理。事业编制的适合使用的范围必须严控，强化检查监督。事业编制只能用于事业单位，不得把事业编制用于党政机关。不得把事业编制与行政编制混合使用。
《中央国务院关于分类推进事业单位改革的指导意见》规定，涉及机构编制调整的，不得突破政府机构限额和编制总额，主要是通过行政管理体制和政府机构改革中调剂出来的空额逐步解决。另外，已认定为承担行政职能但尚未调整到位的事业单位，在过渡期内继续按照现行法律和法规和政策规定履行职责，使用事业编制且只减不增，人事、财务、社会保险等依据国家现行政策规定实施管理。
对于行政编制不足的情况，《关于开展承担行政职能事业单位改革试点的指导意见》提出，行政编制确有困难的，可按程序在总量内跨地区、跨部门调剂少量行政编制。仍然难以满足需要的，由省级编委、中央国家机关试点部门提出方案报中央编委批准后，可多核销事业编制、置换核减少量行政编制，但要严控本地区本部门行政编制在特殊的比例内。各省份要结合实际，在规定范围内创新方式方法，合理争取机构编制。
《关于开展承担行政职能事业单位改革试点的指导意见》要求，妥善解决所需行政编制，通过创新管理方式、调整编制结构，多渠道解决改革涉及的行政编制问题。对于明确将事业单位承担的行政职能划归行政机构或单独设置行政机构的，考虑职责任务、工作对象等因素，从严从紧核定行政编制，原则上在通过政府机构改革、简政放权、自然减员、内部调剂、控编减编等方式腾出来的行政编制内解决。
因此，《意见》第七条规定，试点省份要在不突破地方现有机构限额和编制总额的前提下，统筹解决好体制改革涉及的机构编制和人员身份问题，保障环保部门履职需要。这要求各省份在改革过程中，要严格执行中央规定的本省、自治区、直辖市所有部门的机构限额设置机构，不突破本省、自治区、直辖市编制总额。同时，也要积极争取支持，力争将其他部门机构限额和编制额度调剂给环境保护部门。另外还要按照《意见》第17条要求，结合机构隶属关系调整，重新调整环境监视测定监察执法的职责、体系，相应划转编制，来优化配置、合理调整，保障新体制下环保工作顺利进行。
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