省以下环保机构监测监察执法垂直管理制度改革通过派驻机构、派出机构、直接管理、双重管理等垂直管理模式，对省以下环保机构进行改革。
《关于省以下环保机构监测监察执法垂直管理制度改革试点工作的指导意见》(以下简称《意见》)要求，市(地)级环保局实行以省级环保厅(局)为主的双重管理，仍为市级政府工作部门;县级环保局调整为市级环保局的派出分局，由市级环保局直接管理，领导班子由市级环保局任免。这是环保机构垂直管理改革一定要坚持的基本方向。
各地在垂直管理改革过程中，要按照《意见》精神，结合本地实际，探索按流域设置环境监管和行政执法机构、跨地区环保机构，对合署局、事业局、综合设置生态环保机构、乡镇(街道)环保机构等研究提出改革要求;加强非领导职务的统筹管理，设计好环保干部纵向和横向的交流晋升通道;加强干部管理、综合规划、统筹协调等职责，合理优化调整省市县三级环保机构内设处(科、股)室设置，慢慢地增加规范化建设。
在厘清省市和区县级环境监视测定机构事权和职责的基础上，按照科学、可行的原则，《意见》提出了生态环境质量监测事权上收与执法监测重心下移的改革基本方向，即对量化地方党委政府生态环境责任落实情况的生态环境质量监测事权上收，实行省级考核、省级监测，同时把执法监测与环境执法重心同步下移。这主要是基于如下考虑：
一是生态文明体制改革的趋势。《生态环境监视测定网络建设方案》明确要求生态环境质量监测事权上收，污染源监督性监测和监管重心下移。《国务院办公厅关于印发生态环境监视测定网络建设方案的通知》提出“地方各级环境保护部门相应上收生态环境质量监测事权，逐级承担重点污染源监督性监测及环境应急监测等职能”。
二是执法监测重心下移是环境执法重心下移的同步部署。将环境监察与环境执法分开，并将环境执法重心向基层下移，是党的十八届三中全会、四中全会及《生态文明体制改革总体方案》中的重要内容。另外，《国务院办公厅关于加强环境监管执法的通知》(〔2014〕56号)明白准确地提出“配备调查取证等监管执法装备”。这说明在执法力量下移同时，也要增强执法的装备和技术保障。因此，将执法监测与环境执法保持整体联动，是保证环境执法专业性、权威性的重要保障。
三是将区县环境监视测定机构全部上收，可能使地方党委政府履责难、缺手段。如果县级环境监视测定机构统一上收到省级，将导致地方在管理污染源排放时缺少“眼睛”。目前，县级环保局人员少，混编混岗用人现象普遍，大量监测人员实际从事环保行政或执法工作，将环境监视测定机构全部上收，不仅管理难度大，也会“抽空”县级环保局，监管能力大大下降。
生态环境质量监测和执法监测两者职能定位不同，其改革的路径也不同。生态环境质量监测目的是监测、评价地方生态环境质量变动情况，考核地方环境责任目标完成情况，理应统一上收省级直管，防止地方政府干扰真实数据。污染源监督性监测、环境执法监测目的是定量监测污染源排放行为，是执法的依据和基础，应贴近监管对象，服务于地方环境管理，理应将重心下移。
实现生态环境质量监测和执法监测职能侧重点的分离。这项改革措施是对省市县环境监视测定机构职能的纵向优化调整，并不是将现有环境监视测定机构分置为两个机构。省市县三级监测体系仍会保留，三级监测机构将差异配置、各有侧重，做精做强主业主责。省级环境监视测定管理部门和省级监测技术机构主要承担全省环境监视测定系统布局、能力建设、业务管理、行业指导等职能，通过直接管理市级监测机构、市(地)局派出县级分局，上述职能将得到大幅加强。县级环境监视测定机构主要负责属地污染源的执法监测，支持和配合属地环境执法过程中的污染源监测需求，由同级环保机构管理，但在业务上要接受市(地)级监测机构的指导。
垂直管理制度改革后，省级直接管理市(地)级环境监视测定机构，省级(生态)环境监视测定中心及驻市(地)(生态)环境监视测定中心主要承担生态环境质量监测评价、考核工作。按照《意见》第八条规定，驻市(地)(生态)环境监视测定中心主要负责人任市(地)环保局党组成员。有条件的地方省级环境监视测定机构主要负责人可以任省级环保厅(局)党组成员。
区县级环境监视测定站主要承担执法监测职能，随区县环保局一并上收到市级，由市级承担人员和工作经费，并强化测管协同，加强能力建设。鼓励整合跨市辖区的环境监视测定机构，做大做强，承担市级环境监视测定任务。直辖市所属区县、省直辖县(市)监测站可以不上收到省本级，继续留在属地承担环境执法监测任务。
需要注意的是，《意见》表述的是上收环境监测机构、职责，而不是上收全部市级监测机构人员。考虑到生态环境质量监测易于第三方委托、计划性较强以及区县监测站力量相对较弱等因素，各省能结合实际，科学合理确定现有市(地)级环境监视测定机构人员上收数量。不上收的环境监视测定人能进入整合的市辖区环境监视测定机构，也可以成立市本级机构承担市域范围内的环境执法监测等任务。
环境监察改革强调定期开展事前、事中、事后的监督检查工作，其针对性靶向是市(地)县政府及其部门落实环境保护“党政同责”“一岗双责”情况，推动督察巡视工作从国家层面向省级层面延伸，使“督政”工作实现制度化、常态化、长效化，实现发展和保护的有机统一。环境保护责任清单、议事协调机制和环境监察队伍构成了对地方政府及其有关部门环保责任的监督管理体系，形成了闭合的制度链条，是垂直管理制度改革的重点。
《环境保护法》第六十七条规定“上级人民政府及其环境保护主管部门应当加强对下级人民政府及其有关部门环境保护工作的监督。发现有关工作人员有违背法律规定的行为，依法应当给予处分的，应当向其任免机关或者监察机关提出处分建议”。《国务院办公厅关于加强环境监管执法的通知》(〔2014〕56号)明白准确地提出“完善国家环境监察制度，加强对地方政府及其有关部门落实环境保护法律和法规、标准、政策、规划情况的监督检查，协调解决跨省域重大环境问题。研究在环境保护部设立环境监察专员制度”。中央办公厅、国务院办公厅印发实施的《环境保护督察方案(试行)》将“地方党委和政府及其有关部门落实环境保护党政同责和一岗双责情况”列入环境保护督察内容。中央办公厅、国务院办公厅印发实施的《党政领导干部生态环境损害责任追究办法(试行)》第十一条规定“各级政府负有生态环境和资源保护监管职责的工作部门发现有本办法规定的追责情形的，一定要按照职责依法对生态环境和资源损害问题做出详细的调查”。《水污染防治行动计划》第六条提出“加强对地方人民政府和有关部门环保工作的监督，研究建立国家环境监察专员制度”。
《意见》在上述基础上，对环境监察体系建设提出了明确的要求，将对市县政府及其有关部门环境保护工作的监督检查职责第一次明确赋予了省级环保部门。由省级环保厅(局)统一承担环境监察职能，由省级环保厅(局)领导专职负责，由派驻各地市环境监察专员分片领导，由行政编制人员承担具体工作。建立健全新型权威、以“驻点日常监察”加“定期督察巡视”为核心的环境监察体系。各省份能结合地方实际，经省级党委和政府同时授权后，对市县党委和政府及其有关部门环境保护工作做监督检查。
省级环保厅(局)本级内设环境监察机构，有条件的可为厅级领导专职负责的新环境监察局(环境监察执法局)、环境监察办公室等，并加强环境监察内设机构建设，分工承担综合协调、地方监察、部门(行业)监察、定期督察等职责，同时归口管理区域限批、约谈、市县或部门环境保护实绩考核等。
省级环保厅(局)向市或跨市县区域派驻，推荐逐市派驻，名称能表达为环境监察分局、环境监察专员办公室等。可以派驻县区的环境监察组，驻市县政府办公，采取类似纪检组、审计组或财政监察专员等工作方式，对行政机构进行事前、事中的常态化、制度化日常监督检查及定期性的督察巡视。
《意见》第九条规定，环境执法重心向市县下移，加强基层执法队伍建设，强化属地环境执法;市级环保局统一管理、统一指挥本行政区域内县级环境执法力量，由市级承担人员和工作经费。根据《意见》和地方经验，主要有以下改革模式可参考：
监察执法分置，各级统一更名为环境执法机构，以查企为主。环境监察人员原则上不承担“查企”工作，但监管执法信息应及时共享，为监察督政工作提供线索。按照《意见》第四条职责要求，省级执法机构保持适当的力量，省级对市县两级执法机构为指导关系而非领导关系。市级环保局设立环境执法支队或者内设的行政执法部门，统一管理辖区内所有区县环境执法力量，采取比较有效措施提高环境执法机构的权威性。区县执法机构受区县环保分局和市局环境执法机构领导。鼓励整合跨市辖区的执法机构。结合事业单位分类改革，通过本地立法授权、将执法机构调整为行政机构、运用行政执法专编等方式，积极地推进事业单位委托执法逐步转变为独立执法，承担现场检查、行政处罚、行政强制等完全执法权，规范设置环境执法机构。结合综合执法改革，按照《中央 国务院关于深入推动城市执法体制改革改进城市管理工作的指导意见》、环境保护责任清单等要求，剥离城市综合执法等行业监督管理执法内容，加强部门联动，加强测管协同，提高监管执法效能。
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